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同样，在高通量测序揭示了尸体中腐败相关细菌的来源及其在环境中的持久性之后，处理被确定为牛肉产品中腐败菌增殖的催化剂。 然而，随着分子技术和高通量测序技术的发展，非培养技术越来越多地应用于食品微生物组分析。 这导致了相应的从对食品微生物的特定分类群或种群的调查转向更广泛的基于群落的分析。 这些方法基于核酸、蛋白质和/或代谢物的提取，无需培养即可检测和表征环境中的微生物。 由于微生物的发生和相互作用会影响食品的质量和安全，因此对这些过程的深入了解有助于对不良食品安全事件进行早期干预，确保最佳食品质量，并确定理想或不理想微生物的来源。 但最大的限制之一是，这些方法往往只能检测样本中存在的一小部分微生物，因为它们依赖于单个微生物在培养基上的分离和生长，其代谢和生理需求可以在体外复制。
然而，标准化的工作流程/管道对于允许数据共享和可比性以及在监管和行业层面的广泛采用是必要的。 上述基于测序的元组学方法对各种不同微生物组的研究做出了重大贡献，例如，促进了食品微生物组研究的重大进展。 从公共卫生的角度来看，这些元组学方法为病原体检测、暴发调查、AMR测定、食品真实性和来源追踪等方面提供了见解。 （2）宽谱的微生物覆盖导致mNGS结果解读是一项巨大的挑战：mNGS生信分析过程中不仅要构建包含所有病原微生物的数据库，还需要构建相关的数据库用于过滤。
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（1）mNGS检测某些苛养/难检/低载量微生物能力还需要提升：mNGS通过对样本中所有核酸进行测序，从而实现广泛无偏的病原微生物检测。 微生物序列数（reads）是支撑病原微生物被正确鉴定的关键，序列数是指检测到的短DNA序列的数目。 由于人类基因组远大于微生物基因组，样本中宿主细胞数通常也远高于微生物细胞，因此，宿主核酸占比是影响mNGS病原微生物正确鉴定的最重要因素。 此外，去宿主过程中使用额外的试剂，可能增加外源性背景污染的风险。 宏力動物醫院 不同样本的宿主细胞占比的复杂性也增加了去宿主核酸的难度。 对于宿主核酸的去除方法，目前还没有比较有效可行的方法和标准。
在王咸棋老師三年的指導中，完成住院醫師訓練，即至宏力動物醫院提供高品質的麻醉服務。 熟悉犬貓的手術麻醉前評估、術中監控以及術後疼痛管理與照護計畫等各項麻醉相關細節，並可針對各種急重症病患的麻醉與治療規劃提出建議。 高雄市唯一設有24小時動物急診醫療機構宏力動物醫院動物醫院院長馮宗宏，繼日前捐贈高雄壽山動物園價值百萬元移動式X光機設備後，今（28）… 這些問題是否藏在您內心深處許久呢 2021 年 5 月 6 日 (四) 《麻醉安全大哉問!小動物麻醉獸醫師肩上所扛生命之重》 邀請… 在校期間即開始投入伴侶寵物醫療，畢業後即開始從事伴侶寵物的一般內科與一般外科醫療，于 2011年進入海洋博物館工作，負責大型魚類、觀賞魚類、軟骨魚類、海洋哺乳類、企鵝等醫療。
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目前仍針對影像科和齒科等相關的疾病診斷持續進修，希望能帶給動物最好且最適合的治療。 貓咪被飼養之後飲食由生肉演變成乾飼料，使得單純仰賴食物已經沒辦法補充身體所要的水分，由於貓咪的祖先過去是生活于沙漠中的，在野外的首要食品….. 本文由“健康号”用户上传、授权发布，以上内容（含文字、图片、视频）不代表健康界立场。 “健康号”系信息发布平台，仅提供信息存储服务，如有转载、侵权等任何问题，请联系健康界（）处理。 從國小everyday一路看漫畫小說到大學畢業，號稱看遍整個漫畫店的女紙。 最喜歡文字，喜歡看別人的文字、也希望可以用文字表達自己的想法給別人。
其他的调查强调了乳制品加工过程中，储存、低温和设备对牛奶微生物群的影响，而在啤酒厂中，食品接触表面被认为是可能传播腐败细菌或基因的区域。 使用元组学方法时采用的另一种方法是聚焦过程，在该方法中，检测通常被认为是食品安全管理系统关键点的特定加工步骤。 已经研究了热处理、冷藏、包装、清洁等过程，以了解这些工艺过程中的微生物动态，并确保其消除或减少细菌生长的有效性。 宏遗传学研究热处理发现肉丸和奶酪中的细菌丰度和多样性减少，但它们也影响了最终产品的质量。 特别是在贮藏方面，宏遗传学和宏基因组分析表明，低温贮藏是加工链上的一个区域，它允许肉和乳制品中某些嗜冷腐败微生物的增殖和优势地位。 为了了解储存温度对微生物群落的影响，已经在香肠和鱼类中使用宏遗传学结合感官评估或依赖培养的方法来监测微生物动态，这导致了模型的发展，以推断贮藏期间的腐败动态和细菌种类的关联。
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派大星住院的12天，每次探病時住院醫生都會仔細說明一天的病情及醫療情況，12天來起起伏伏也感謝各位助理.住院醫生24小時的照顧，雖然派大星很遺憾地離開了，但謝謝這段日子有宏力醫生們的照顧。 TNGS技术可以针对耐药/毒力基因进行目标区域富集，确保准确稳定的检出。 需考虑同一基因的不同突变类型，产生的耐药效果不同，实现耐药/毒力基因的全覆盖。 畢業於國立屏東科技大學，在學期間曾在台灣及澳門的多間動物醫院實習觀摩，最後在宏力動物醫院實習結束後，選擇在此工作至今。
畢業於國立嘉義大學獸醫系，宏力動物醫院主治醫師(95年~迄今)，並完成小動物外科臨床實務訓練、內視鏡微創手術訓練、超音波/影像臨床實務訓練、非犬貓臨床實務訓練各項專業訓練。 以下是從南部143家動物醫院，經由網路調查，綜合評估後脫穎而出的5家推薦的優質動物醫院，提供給大家參考。 進入宏力後，經院長的栽培下，由蔡志鴻蔡醫師，陳俊達陳醫師的教導下針對心臟內科加強診斷及治療。
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目前在本院接受麻醉相關訓練及實際參與多場大小型外科手術的麻醉管理。 另外，曾參加影像科及心臟內科的培訓課程，希望在診斷及治療上有更豐富的醫療知識。 挑選好醫院，您可以帶寵物去做一個健康檢查，觀察醫生檢查寵物仔不仔細？ 貓狗如果有在醫院被粗魯對待的經驗，有可能會形成牠們心中一輩子的陰影。 網路對於醫生的評價不一定客觀，每個飼主的主觀體驗不一致，他覺得是好醫生反而不一定是同業最優秀的；有的診所是因為醫術好客人多，有的診所則是因為費用便宜而車水馬龍，在這一部分寵物主人一定要多多觀察評估。
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宏遗传学、宏基因组学和宏转录组学已被用于研究食品微生物群落、食品加工步骤和食品相关环境。 除了食品行业，其他领域也发现了基于群落的微生物组分析方法的应用所带来的好处。 基于群落的方法有助于增加对医疗环境和水系统中土著微生物群落和AMR模式的认识，这为更大的监测需求提供了证据。 在医院环境中，元组学方法为病原体和非病原体之间的进入途径和关系提供了线索，并有助于进行环境监测以抗击医院获得性感染和AMR。
- 目前仍針對影像科和齒科等相關的疾病診斷持續進修，希望能帶給動物最好且最適合的治療。
- 其他能够产生较长reads的测序平台可能会解决这个问题，如牛津纳米孔技术公司或太平洋生物科学公司的测序平台，但较低的read准确度和较高的测序成本可能是问题。
- 元组学技术已被用于表征肉类、奶制品和酒精饮料等食品加工涉及的几种环境。
- 宏蛋白质组学和宏代谢组学与其他组学方法的整合被用于提供新的见解并将基因组信息与表型联系起来。
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- 该方法包括对样本DNA进行片段化，然后制备测序文库，分析所得数据以提供关于整个微生物群落的分类组成和功能潜力的信息。
利用内标准品对这些染料的应用进行研究，从而可以定量活细胞和死细胞，并在不同食物或环境基质中优化这种处理。 另一种选择是用RNA测序代替DNA或与DNA一起测序，因为测量RNA拷贝的目标是活性微生物部分，这允许区分活微生物和死亡微生物，尽管mRNA的不稳定性可能再次带来挑战。 需要进一步研究活细胞和死细胞的鉴别，特别是将这些基于测序的方法应用于食品相关样本。 值得注意的是，特别是对于宏遗传学，一些测序平台(如由市场领导者Illumina开发的平台)产生的短读长可能会限制在物种水平上的分类。 其他能够产生较长reads的测序平台可能会解决这个问题，如牛津纳米孔技术公司或太平洋生物科学公司的测序平台，但较低的read准确度和较高的测序成本可能是问题。 虽然鸟枪法宏基因组测序克服了与基于扩增子的方法相关的许多偏差，但其最大的挑战之一是，当随机测序含有大量宿主DNA的样本时会降低微生物的测序深度。
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TNGS技术是基于NGS的靶向富集（Target enrichment）的测序技术。 靶向富集是tNGS技术的关键环节，通过对目标基因组区域（regions of interest ，ROI）进行富集，确保ROI区域有足够的测序深度和覆盖度，进而成功地识别目标病原体。 目前国内外策略主要分为两种：基于超多重PCR扩增的tNGS和基于杂交捕获的tNGS 。 畢業於國立嘉義大學獸醫學系，就學期間開始在不同的小動物醫院實習，並先後進入中興大學附設動物醫院、嘉義大學附設動物醫院實習，以累積足夠的臨床經驗。 106年加入宏力動物醫院團隊，接受將近兩年的住院醫師完整訓練，包括麻醉、急診醫療、一般內科等。
- 它也被用来了解抗菌药物使用和耐药性之间的关联，以及加工对耐药性和病毒组的影响。
- 尽管这种程度的低估在食品系统中可能不那么严重，但是，由于食品和食品加工环境的微生物群落由复杂、动态的微生物群落组成，元组学方法有可能提供对这些群落更准确和更深入的理解。
- 微生物群落存在于整个食物链中，了解其动态以及促进或阻碍其生长的条件将有助于食品安全和质量目的。
- 由于分析的大部分都需要参考现有的数据库，因此测序研究的结果只能与这些数据库一样好。
- 这可能是有益的，也可能是有害的，例如，在发酵食品生产中具有明显的有益影响。
尽管这些快速方法通常优于基于培养的方法，但在常规采用之前，行业和监管机构需要进行彻底的验证。 尽管基于培养的方法和快速方法可用于识别复杂食品或食品环境相关样品中的微生物，但它们对特定微生物的重视程度不平衡，尽管进行了多路复用，但仍然仅捕获整个微生物群落的一小部分。 宏力動物醫院 由于微生物存在于群落中，因此对其进行研究非常重要，因为一个物种或菌株的生长、生存和活动可能会影响或与另一个物种或菌株的存在有关。 此外，从实践角度来看，理论上可以同时鉴定食物链样本中所有病原体和腐败微生物的方法可能会产生破坏性的积极影响。 由于缺少扩增步骤，消除了宏遗传学可能存在的偏差并具有更高的灵敏度，从而使分类达到菌株水平。 鸟枪法宏基因组学的另一个优势是，如果应用足够的测序深度，可以恢复宏基因组组装基因组，这可以提供更多的基因组信息，揭示特定类群的功能和安全相关特性，并允许研究食品相关微生物物种(如LAB)的菌株水平多样性。
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这为临床上不明原因的感染、罕见致病菌病原鉴定提供了可能。 随着这些元组学方法越来越多地被用于揭示食品和与食品相关环境的微生物群，非常需要标准化的工作流程/管道来进行方法学和分析。 元组学方法绕过了培养和分离微生物的需要，允许对微生物群落进行更广泛的表征。 （3）tNGS检测因目标病原体设定范围明确，可以显著简化解读流程：在mNGS和tNGS的对比研究中发现，基于mNGS检测样本单次报出的病原数量在4-24个，而tNGS报出集中在1-2个。
其他基于群落的非测序方法，如宏蛋白质组学和宏代谢组学，也有用于食品微生物组研究的潜力。 宏蛋白质组学是对给定时间点样本内微生物群落产生的整个蛋白质补体的大规模研究，有助于将基因组和转录组数据与生物学功能联系起来，加深对表型随着条件变化而变化的理解。 宏蛋白质组学提供有关微生物群落及其丰度和功能、群落内相互作用、群落代谢和生理变化以及样品中微生物的底物利用、碳源和同化途径等信息。 质谱法用于宏蛋白质组学，其在食品微生物群中的应用主要是发酵食品(如发酵大豆和奶酪)的表征。 然而，宏代谢组学涉及使用化学、生物化学和生物信息学来检测和分析样品中的小分子代谢物，并提供对微生物表型特征的见解。
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然而，当ELISA与纳米技术相结合时，其在食品分析中的应用获得了更高的灵敏度、特异性和稳定性。 与传统的培养方法相比，聚合酶链式反应、定量PCR、环介导等温扩增等基于核酸的技术需要更短的时间，并且通过多路复用可以促进同时检测、实时监测和定量多个微生物目标。 开发和优化每种检测方法非常重要，因为复杂的食物基质可能会阻碍核酸提取，并含有可能干扰检测反应的抑制剂。 尤其在多路复用时，引物设计至关重要，因为引物组需要相似的退火温度才能成功进行检测。 不幸的是，这些方法(如基于免疫的检测)，由于其检测限( CFUs/mL)，通常仍需要富集或浓缩步骤，而且由于病原体在食品中的浓度通常较低，因此很难直接检测。 另一种主要用于临床环境的快速方法是基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)，它分析电离和飞行时间检测后来自核糖体蛋白的信号，这些信号对于每种菌株都是独特的，从而可以快速鉴定微生物。
对灵敏度和特定检测的需求以及其他挑战证明，这些基于群落的方法目前不适用于监管合规级别，但随着进一步发展，这将成为未来的标准。 5.2.2 食品相关环境 从农场到加工设施，食品相关环境一再被发现会对最终产品的微生物群产生积极或消极的影响。 利用元组学方法监测食品加工过程中食品微生物群落的变化，有助于理解加工过程对食品质量和安全的影响。 一种方法涉及对整个食品加工链进行分析，从整个过程开始到结束采集样本，并使用元组学方法来追踪微生物群落动态的变化，这有助于制定缓解措施。 这种全链方法通常涉及食品和环境样本的采样，并突出了可能发生污染或腐败的区域；例如，在肉类加工中，动物尸体或兽皮被确定为可能的污染源，并且发现在屠宰期间和屠宰后采取的措施是减少细菌负荷和AMR基因向肉类产品传播的关键。 用类似的方法研究香肠生产表明，乳化步骤选择了革兰氏阳性腐败菌。
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该方法包括对样本DNA进行片段化，然后制备测序文库，分析所得数据以提供关于整个微生物群落的分类组成和功能潜力的信息。 由于宏基因组学的非靶向性，在假设DNA提取方法合适的情况下，可以从样本中获得与各种微生物(包括细菌、病毒、古菌和真菌等单细胞真核生物)有关的信息。 微生物群落存在于整个食物链中，了解其动态以及促进或阻碍其生长的条件将有助于食品安全和质量目的。
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从宏基因组数据来看，MAGs的恢复可以为更多的单菌株研究让路，这有助于更好地了解食品环境中的常驻微生物群以及导致食品发酵或变质的菌株。 此外，利用宏转录组学或宏基因组学以及代谢组学等互补方法，增加对食品环境中微生物功能特性的研究，可以更深入地了解食物链过程中涉及的活性微生物和代谢途径。 由于分析的大部分都需要参考现有的数据库，因此测序研究的结果只能与这些数据库一样好。 目前的数据库主要来自人类微生物组研究，因为在该领域进行了更多研究，这可能会导致偏向与人类相关的微生物。 食品和其他领域微生物组研究的不断增加应该纠正这种不平衡，以便更好地表征微生物组。 宏力動物醫院 使用基于测序的元组学方法有望更好地表征食物链中的微生物群，并有助于更好地了解影响食品安全和质量的因素。
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1.mNGS技术在临床病原微生物检测中的价值：无需预设、可覆盖广泛的病原微生物助力新发、罕见、难检病原的鉴定。 这需要良好的数据管理实践和系统的元数据文件，以促进研究成果的数据共享。 此外，用于分析生成数据的生物信息学专业知识目前对于从测序数据中得出准确和正确的解释至关重要。 中興大學獸醫學系畢業後即通過國家考試，並於中興大學獸醫教學醫院擔任一年的實習醫師，而後通過甄選繼續於麻醉暨重症加護科學習專業知識與技術。
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2013年至中國工作，先後任職於廣東珠海長隆海洋王國與福建漳州天柱山等海洋公園，從事管理層 職級，負責各動物醫療管理、人員管理、制定醫療計畫、 動物運輸等。 2019年底受宏力動物醫院馮院長邀請，開始於本院提供犬貓與特寵醫療服務。 國立屏東科技大學獸醫學系畢業，在學期間於病理室承蒙已故尊師張聰洲老師、張清棟老師、邱明堂老師的栽培與磨勵，在病理、外科病理的領域打下紮實的根基。 這是關於生命的工作，願院方做多急診sop方面的教育訓練，飼主就是無助才找醫院。 如果這些細節院方都有執行到，最後咪咪救不回來，我也無憾。 感謝派大星的主治范晉瑋醫生，一到院就很完整分析病況，講話溫柔讓人安心！
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从方法学的角度来看，提取足够浓度和质量的DNA/RNA对测序至关重要，这在某些情况下可能具有挑战性，例如从低微生物负荷地区采集的环境拭子样本。 扩增方法(如多重置换扩增)被用于产生足够数量的DNA，并已研究纳入对照以减少污染，但这些方法可能会导致偏差。 无论是标准宏基因组测序还是宏基因组测序，从微生物组内活生物和死亡生物中提取的DNA都没有区别，这对于食品或食品环境微生物群的研究至关重要。 叠氮溴化丙啶和以前更常用的叠氮溴化乙啶是DNA结合染料，它们可选择性地结合基质中存在的可接近的DNA，本质上是结合死亡细菌和其他细胞的DNA，并防止其在文库制备过程中扩增。 因此，在DNA提取前用PMA处理可选择随后对活细胞DNA进行测序。 PMA与测序的成功应用使得在牛奶加工和奶酪制造过程中可以对活细胞进行选择性分析，但其性能可能受到微生物群落和样品生物量的影响。
然后直接测序并与参考数据库进行比对，以确定整个微生物群落的分类学组成。 16S 宏力動物醫院 rRNA基因是细菌鉴定中最常用的基因，普遍存在于细菌中，该基因包含9个高变区，其中部分或全部可通过扩增和测序靶向鉴定相应的细菌分类。 类似的方法可以通过靶向18S或23S rRNA基因或rRNA操纵子的内转录间隔区应用于真菌。 鸟枪法宏基因组学，通常称为宏基因组学，是通过对从混合微生物群落中提取的整个DNA样本进行测序，对微生物种群进行非靶向基因组分析。
这包括食物来源/衍生的农作物和动物，以及土壤、水、耕作系统、害虫和气候条件等环境因素。 元组学方法发现，牧场系统、动物圈舍、空气中的灰尘、灌溉水等因素可以影响食品的微生物群多样性和组成。 除了多样性和组成，用于表征耐药性的元组学方法表明，农场环境是AMR细菌和基因的潜在载体(这些细菌和基因源自灰尘和动物粪便)，有助于AMR传播和工人暴露。 将动物粪便用作肥料(粪肥/废水)也会导致AMR细菌和基因在环境中传播，进而影响在土地上种植的作物或饲养的动物的微生物群。 季节性影响在某些产品中很明显，如牛奶和牛肉，在这些产品中，宏遗传学和宏基因组学的使用揭示了最终产品微生物群的季节性变化。
宏转录组学涉及对从样本中分离的总mRNA进行非靶向测序，从而可以识别样本中具有转录活性的微生物，并可以进一步深入了解微生物群落的潜在功能特征。 这种方法揭示了群落中最活跃的微生物，同时也使人们能够更深入地了解复杂食物微生物群落或与食物相关环境中的微生物群落是如何相互作用的。 这种方法还可用于观察食品中的原位基因表达，收集目前在食品生态系统中表达的可能与食品发酵和/或腐败相关的代谢活动的信息。 宏转录组学的另一个优势是能够检测基于RNA的病毒，包括食源性病原体，如诺如病毒。
